Что именно вы хотите удалить? Может быть историю сообщений? Тогда зайдите в диалог с выбранным пользователем, с правой стороны вверху будет кнопка Действия. Нажав на неё, вы найдёте такой пункт, как Очистить историю сообщений. Все сообщения и ваши, и вашего собеседника будут полностью удалены с вашего аккаунта.

А может быть вы имели в виду удалить историю ваших действий в контакте? Тогда вам нужно идти в общую историю, где хранится информация обо всех страницах всех сайтов, которые вы посещали. Перейти туда можно через меню вашего браузера (если у вас опера, нажмите одновременно Ctrl+H). Там будет крестик возле каждой странички, так что вы просто удаляете не нужные вам страницы, чтобы никто не видел их больше.

Удачи!!!