Если ваш жесткий диск еще не разбит на логические разделы, это можно сделать при помощи программы установки виндовс. В ней есть такая возможность. Еще один вариант разбиения жесткого диска на разделы, это использование специальных дисков, типа Винреаниматор и тому подобных. В состав оболочки таких дисков, входит как минимум один менеджер дисков. При помощи такого менеджера, вы без особых проблем разобьете ваш винчестер на логические диски, после чего, на один из этих разделов, вы сможете установить операционную систему, и уже тогда он и станет системным. Есть и другие варианты, к примеру, старая добрая утилита Fdisc. Но она вряд ли будет работать с файловой системой Ntfs. Можно и с компакт-диска с портабельной виндой загрузиться, и уже, таким образом, разбить жесткий диск. Сути дела конкретный способ разбиения, не меняет.

Вот так, вы можете создать системный диск, или системный раздел.