Андрей говорит:

Это долгий и почти неописуемый полностью процесс. С какой стороны вы спрашиваете? Ведь от этого многое зависит.

Например, вы — обыкновенный рядовой пользователь. С компьтером знаетесь относительно недавно и слово программирование для вас звучит как формула перманганата натрия для кота. Чтобы понять, как создают .exe файлы, нужно сначала определиться, что же такое вообще .exe файлы. Итак, .exe файлы — это скомпилированные исходники программ, которые определены исполнительной программой. Тёмный лес, в котором имеется набор букв? Разберём. Исходники программ — это «последствия» или предмет работы языков программирования, который в своей начальной форме не имеет ни малейшего веса без наличие установленных программ-мененджеров по этим самым языкам, которые называются оболочкой. Исходники пишутся программистами и имеют примерно такие виды, которорые в свою очередь являются кодом:

 
.MODEL TINY
CODE SEGMENT
ASSUME CS:CODE, DS:CODE

Или 

101000111.
Языков программирования уже огромное количество, поэтому перечислить их все нельзя.
"А примеров сюда приводить тем более не стоит.
После этого все эти исходники собираются воеденио и компилируется (можно даже сказать, что сначала объеденяются, а потом конвентируются. Так получается ехе файл) компьютером для лучшей адаптации человеком.